A origem do ninja é obscura e difícil de determinar, mas presume-se que ocorreu por volta do século XIV. No entanto, os antecedentes dos ninjas podem ter existido tão cedo quanto o Heian e no início da era Kamakura. Existem poucos registros escritos para detalhar as atividades do ninja. A palavra jounin não existia para descrever um ninja como agente até o século XV, e é improvável que os espiões e mercenários antes dessa época fossem vistos como um grupo especializado. Na agitação do período Sengoku (séculos XV - XVII), mercenários e espiões contratados surgiram das regiões de Iga e Koga no Japão, e é a partir desses clãs que muito do conhecimento posterior sobre o ninja é inferido. Após a unificação do Japão sob o xogunato Tokugawa, os ninjas caíram novamente no esquecimento. No entanto, nos séculos XVII e XVIII, manuais como o Bansenshukai (1676), muitas vezes centrados em torno da filosofia militar da China, apareceram em número significativo. Estes escritos revelaram uma variedade de filosofias, crenças religiosas, a sua aplicação na guerra, bem como as técnicas de espionagem que formam a base da arte ninja. A palavra Ninjutsu mais tarde viria a descrever uma grande variedade de práticas relacionadas com os ninjas.

A natureza misteriosa do ninja capturou a imaginação popular no Japão, e depois o resto do mundo. Ninjas são figuras proeminentes no folclore e lendas, e como resultado muitas vezes é difícil separar fato histórico e mito. Algumas habilidades lendárias incluem invisibilidade, andar sobre a água, e controle sobre os elementos naturais. O ninja também é prevalente em cultura popular, aparecendo em várias formas de mídias de entretenimento.

Durante a II Guerra Mundial, o Japão ensinou técnicas ninjas a espiões num centro de treinamento secreto.